Ces deux verbes ont la même étymologie latine et signifient « être surpris au point d’en rester paralysé, engourdi », mais ils s’emploient et se construisent différemment.

1/ Stupéfait est un adjectif. Le verbe « stupéfaire » est considéré comme un barbarisme par les puristes, bien qu’il figure dans certains dictionnaires. Stupéfait induit l’idée d’un état.

Les dictionnaires qui jouent le compromis en acceptant le verbe stupéfaire n’en admettent cependant l’emploi qu’à la 3ième personne du singulier de l’indicatif présent et aux temps composés. On évite cependant de dire « Il m’a stupéfait », mais on dira plutôt « Il m’a stupéfié ».  Puisque stupéfait est un adjectif,  on est stupéfait de quelque chose (de même, on est heureux de quelque chose).

2/ Stupéfié est le participe passé du verbe stupéfier. Stupéfié induit l’idée d’une action (faite par quelqu’un d’autre ou quelque chose).

On peut donc dire « Il m’a stupéfié ». Puisque stupéfié est la forme passive d’un verbe, on est stupéfié par quelque chose (de même, on est surpris par quelque chose).

C’est un bel exemple de l’évolution de la langue, encouragée par ceux qui se réfèrent à l’usage répandu de tel mot ou telle tournure, et freinée par ceux, tout aussi légitimes, qui respectent une cohérence globale de la langue française.